Vojno-tehnički sporazum, koji je označio kraj agresije NATO snaga, potpisan je 9. juna 1999. godine nadomak Kumanova u Makedoniji i poznat je kao Kumanovski sporazum, a sam prekid bombardovanja je usledio tek dan kasnije, 10. juna, kada je počelo povlačenje trupa Vojske Jugoslavije (VJ) sa teritorije Kosova i Metohije. Zadnje bombe bačene su na selo Kololeč u opštini Kosovska Mitrovica oko 13.15 sati, a tek sa početkom povlačenja snaga Vojske Jugoslavije sa KiM Havijer Solana, tadašnji generalni sekretar NATO-a, saopštio je zvaničnu obustavu bombardovanja Savezne Republike Jugoslavije.
Na vojnom aerodromu kod Kumanova, u Makedoniji 9. juna potpisali su Vojno-tehnički sporazum general VJ Svetozar Marjanović i policijski general Obrad Stevanović, od strane SRJ, a od strane NATO- a sporazum je potpisao britanski general Majkl Džekson. U Savetu bezbednosti UN je već 10. juna usvojena Rezolucija 1244, kojom se garantuje suverenitet SRJ nad KiM, kao i široka autonomija i suštinska samouprava na KiM. Vojsku SRJ i policiju Srbije zamenili su na Kosovu i Metohiji pripadnici KFOR-a i NATO-a, a u prvo vreme sa njima je bio i jedan ruski kontingent, koji je u sastavu SFOR-a prethodno bio stacioniranu BiH. Sporazumom su definisane Zone vazdušne bezbednosti, zona od 25 kilometara od administrativne linije Kosova i Metohije ka unutrašnjosti SRJ, kao i Zona kopnene bezbednosti, pojas širok oko pet kilometara – ka unutrašnjosti Jugoslavije.
Kasnije, decembra 2008. godine, na Kosovo i Metohiju došli su pripadnici EULEKS-a, čija misija je, takođe kao i misija KFOR-a i UNPROFOR-a, određena kao statusno neutralna. Pripadnici EULEKS-a su preuzeli ulogu da sprovode aktivnosti vezane za vladavinu prava na Kosovu i Metohiji. NATO agresija na SRJ je počela 24. marta 1999. godine bez odobrenja Saveta bezbednosti UN. Tokom bombardovanja, prema nezvaničnim podacima, život je izgubilo više od 3.000 ljudi, ranjeno je više od 10.000 osoba, a šteta od razaranja SRJ procenjena je na desetine milijardni američkih dolara. Za tih 78 dana, koliko je trajala NATO agresija na SRJ, stradalo je 1.008 pripadnika vojske i policije, po podacima iz 2013. godine, dok tačnih podataka o stradalim civilima nema, te se najčešće spominje da je stradalo oko 2.500 ljudi, a da je teže i lakše ranjeno oko 6.000 civila, među kojima i 2.700 dece, dok ratni gubici NATO-a u ljudstvu i tehnici nikada nisu obelodanjeni. U bombardovanju je uništeno i oštećeno 25.000 stambenih objekata, onesposobljeno 470 kilometara puteva i 595 kilometara pruge, oštećeno 14 aerodroma, 19 bolnica, 20 domova zdravlja, 18 dečijih vrtića, 69 škola, 176 spomenika i 44 mosta, dok je 38 uništeno. Takođe, uništena je i trećina elektroenergetskog kapaciteta zemlje, bombardovane su dve rafinerije u Pančevu i Novom Sadu, a snage NATO-a su upotrebile i takozvane grafitne bombe za onesposobljavanje elektroenergetskog sistema prvi put nakon što su ih koristili 1991. godine tokom bombardovanja Iraka. Avijacija NATO-a je izvršila 2.300 vazdušnih udara na 995 objekata širom zemlje, a sa 1.150 borbenih aviona izbačeno je oko 420.000 projektila ukupne mase 22.000 tona, dok je lansirano 1.300 krstarećih raketa i izručeno 37.000 „kasetnih bombi“, znanih i kao „žutih ubica“, od kojih je poginulo oko 200 osoba, a ranjeno više stotina, uz sve to koristeći i municiju sa osiromašenim uranijumom.
Vojska Jugoslavije je u fazama napuštala svoju teritoriju KiM, a sledio ju je u velikom broju i uplašeni narod, koji je najbolje na svojoj koži osetio sva dešavanja pre bombardovanja, tokom, kao i pretnje šta će biti posle preuzimanja teritorije od strane KFOR-a, kao jedinica OUN pod komandom NATO-a i UMNIK-a, zamenom civilne administracije, čije poslove i obaveze je preuzela međunarodna administracija. A razlog za strah civila je postojao, jer je odmah po preuzimanju vlasti u ruke KFOR-a i UMNIK-a došlo do oružanog incidenta tri dana kasnije 13. juna u Prizrenu, kada su nemački vojnici, nakon 54 godine od kraja Drugog svetskog rata i prve vojne intervencije van granica svoje države, sa 220 metaka ubili srpske civile Marka Andrijevića iz Prizrena, portira u „Kosovo-vinu“ i Slavka Veselinovića Bosanca, izbeglice iz Bosne i radnika Elektrodistibucije u Prizrenu, koji su samo hteli u žutoj „ladi“ da napuste grad zbog nesigurnosti od albanskih ekstremista.
Slučaj ubistva srpskih civila Andrijevića i Veselinovića je sudski procesuiran u Koblencu, u Nemačkoj, gde su potporučnika Davida Ferka, koji je naredio otvaranje vatre na civile, oslobodili svake optužbe i navodno su nemački vojnici ispalili u „ladu“ 220 metaka u samoodbrani, jer su se osećali ugroženo od dvojice preplašenih civila, koji su imali samo lično naoružaje kako bi se odbranili od albanskih terorista ukoliko na njih naiđu u pokušaju da stignu na bezbednu teritoriju. Nakon sudskog postupka, Rudolf Šarping, tadašnji nemački ministar odbrane, odlikovao je Davida Ferka zlatnim ordenom Krsta Časti Bundesvera za „besprekorno ispunjenje vojničke dužnosti“, a KFOR je zvanično izuzet od krivične odgovornosti za bilo koje postupke koje počini, pa i ubistvo civila.
Snežana Nedić